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盘点:三大你不可不知的开放性生物信息分析平台

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发表于 2016-9-17 18:25:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

随着高通量测序技术的快速发展,产生了海量的生物学数据,这也对生物信息学分析技术提出了很高的要求。为此,各种生物信息分析平台孕育而生。生物信息学分析平台是将各种生物信息学分析软件集成起来,通过网页或者命令行的方式进行生物信息分析的平台,下面将一一介绍三个常用的生物信息分析平台。
1、Galaxy
Galaxy是一个开放的基于网页的生物信息分析平台,目前已经部署投入使用的公共Galaxy分析平台约有30个。通过该平台,能够在不下载和安装任何软件或工具的前提下做各种生物信息分析,并能够记录每一步分析过程,同时可以与其他科研人员分享分析的历史记录和构建的工作流。比如,由国家基因库搭建、配置和维护的公共开放的Galaxy平台( http://biocloud.cngb.org/galaxy/root),可以为国内外用户提供运算存储资源和流程化分析服务,它整合了各种生物信息学分析工具,可以友好方便的构建生物数据分析工作流,是集数据上传检索及处理、序列比对组装、序列分析、SNP/WGA分析、数据可视化等众多生物信息分析功能于一体的公共开放性平台。

2、GenePattern
GenePattern生物分析平台提供了用于基因组、转录组、蛋白质组、SNP分析和常见数据处理分析的150多个分析工具,并且该平台具有word插件,可以将分析流程添加到doc文档中。具体见链接 http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/

3、DNAnexus分析平台
DNAnexus生物分析平台主要侧重下一代测序技术的信息分析,部分功能可免费使用。DNAnexus(https://www.dnanexus.com/
生物分析平台是致力于打造云端数据分析平台,2011年获Google Ventures和TPG Biotech投资,DNAnexus将和Google共建开放式DNA数据库,以取代美国政府的国家生物技术信息中心(NCBI)。该平台最大的特点是使用google的云服务,将数据存在云端,科研人员可通过软件即可访问这些数据。



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