(1)启动子:可与RNA聚合酶特异性结合而使转录开始的一段DNA序列。但启动子本身并不被转录,属于基因上游对转录起调控作用的5′ 端非编码区。一般可分为两类,一类是RNA聚合酶可以直接识别的启动子;另一类是与聚合酶结合时需要有蛋白质辅助因子。

(2)终止子:在转录过程中,提供转录终止信号的DNA序列,在RNA水平上通过转录出来的终止子序列形成茎—环结构而起作用。 
(注意:终止子和启动子不同,启动子由DNA序列来提供信号,但真正起终止作用的不是DNA序列本身,而是转录生成的RNA。)

(3)起始密码子:信使核糖核酸分子中规定编码多肽链第一个氨基酸的密码子。细菌的起始密码为AUG,转译为n-甲酰基甲硫氨酸;或较罕见的GUG(缬氨酸)。真核生物的起始密码子总是AUG,转译为甲硫氨酸。起始密码子在相应的DNA中为ATG。

(4)终止密码子信使核糖核酸分子中作为转译多肽链终止信号的三联体密码子。可终止蛋白质合成。此密码子通常用矿石或宝石命名,有3种,包括琥珀密码子(UAG)、赭石密码子(UAA)、欧珀密码子(UGA)等。

区别:启动子和终止子均为结构基因非编码区的DNA序列,且长度远不止三个碱基,都与基因的转录过程相关联。起始密码子和终止密码子均位于信使核糖核酸分子中,且均只含三个碱基,都与mRNA的转译过程相关联。

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